התלמוד הבבלי הוא ספר היסוד של התורה שבעל פה, בין בלימוד האינטנסיבי שלו ובין בפסיקת ההלכה על פיו, מזה למעלה מאלף שנים. מרכזיותו זו התעצבה בתקופת הגאונים. בתקופה זו הוא עבר ממסירה על פה לכתיבתו בכתבי יד, נוסחו התעצב, והוא הופץ מן המרכז שבבבל לכל תפוצות הגולה. העיסוק הרב בתלמוד ותהליכי מסירתו בעל פה ובכתב יצרו לא מעט חילופים בנוסחאותיו. מחקר זה עוסק בסוגיות הקשורות לתהליך שבו הפך התלמוד הבבלי לספר כל כך מרכזי, ובעיקר בשאלת יחסם של גאוני בבל לנוסח התלמוד הבבלי: כיצד התייחסו לגרסאותיו השונות, כיצד הכריעו ביניהן ועל פי אלו קני מידה עשו זאת; עד כמה שימרו את גרסאותיו הקדומות ועד כמה שינו אותן. בחלקו השני של הספר מובאים ונדונים כל המקורות שבהם דנו גאוני בבל בגרסאות התלמוד.

פיוטים של הפייטן הארץ ישראלי ר' אלעזר בירבי קליר, שפוענחו מתוך קרוב לארבע מאות כתבי יד, כאשר כל שינויי הנוסח שבכתבי היד נרשמו בשוליהם. ביאור מקיף מסייע לקורא לעקוב אחר לשונו הקשה של הפייטן, לעמוד על המקורות המקראיים והמדרשיים המרובים המשולבים בפיוטים ולעקוב אחר מהלך דבריו. מבוא כללי מלבן את השאלות הקשורות בפיוטים, למן בירורים הקשורים בייחוס הפיוטים למחברם ולשחזור חלקיה של כל קומפוזיציה פייטנית, ועד לדיונים בעיצובו הספרותי של החומר. ר' אלעזר בירבי קליר התייחס בפיוטיו לראש השנה לכל ההיבטים של היום: הדין, תקיעת השופר, מלכויות, זיכרונות ושופרות, זכות האבות ועוד. יצירות אחדות הוא הקדיש לראש השנה שחל בשבת. דרכו המיוחדת בעיצוב כל אחד מן הנושאים הללו מתבררת אף היא במבוא. מערכת קשרים מסועפת בין הפיוטים למקורותיהם מתלבנת אף היא, וכך למשל מתברר שאחד הפיוטים הנדפסים כאן לראשונה מאיר באור חדש גם את הפיוט המפורסם 'ונתנה תוקף קדושת היום'.

התוספות למנחת שי משלים את הפרסום של מנחת שי על התורה, אשר לידידיה שלמה רפאל נורצי.

בספר מוצגת מהדורה מדעית של שבעת המאמרים הראשונים של חלקה הראשון של האנציקלופדיה העוסקים בפיזיקה. כל מאמר דן בסוגיה מדעית אחת וחותם בפרקים פרשניים שמטרתם להראות כיצד הסוגיה תואמת את דעת התורה ואת הסודות הצפונים בכתביהם של ר' אברהם אבן עזרא ור' משה בן מיימון מחד ומקובלים שונים, בעיקר הרמב"ן, מאידך. למהדורה קודם מבוא העוסק בשאלות היסודיות והבסיסיות העומדות מאחורי החיבור, כגון: מי כתבו, היכן ולשם מה, מהו מבנה החיבור, מהם מקורותיו של המחבר וכיצד הוא נדרש להם? המבוא גם סוקר ומבאר את תוכני הדיון של שבעת המאמרים המוצגים במהדורה תוך שימת דגש על החידושים העיקריים הטמונים בהם ותרומתם להתפתחות המדע.